وظایف عمومی:
1. ابلاغ کلیه مصوبات، مقررات و آیین‌نامه‌های ابلاغی از سوی رئیس دانشگاه به واحدهای ذی‌ربط و پیگیری و نظارت بر حسن اجرای آن.
2. تدوین آئین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها و دستور جلسات مرتبط با وظایف معاونت جهت پیشنهاد به مراجع ذی‌صلاح برای تصویب.
3. ارائه گزارش‌های توجیهی لازم به رئیس دانشگاه در خصوص وظایف مربوطه به واحدهای تحت نظر.
4. پیشنهاد افراد واجد شرایط برای تصدی سمت‌های مدیریتی در حوزه معاونت به ریاست دانشگاه.
5. نظارت بر واحدهای وابسته به‌منظور حصول اطمینان از حسن اجرای وظایف آن‌ها.
6. برنامه‌ریزی، تنظیم فعالیت‌ها و پیشنهاد بودجه سالیانه معاونت ذی‌ربط مطابق با اولویت‌های دانشگاه.
7. همکاری با سایر معاونت‌ها جهت حسن اجرای برنامه‌های دانشگاه.
8. انجام سایر امور محوله از سوی رئیس دانشگاه
وظایف اختصاصی:
1. ارزیابی و بازنگری محتوای سرفصل‌ها به‌منظور به‌روزرسانی، کارآمدی اعضای هیأت علمی دانشگاه، غنا بخشی و ارزش‌مداری وارایه پیشنهاد لازم به وزارت حسب مورد.
2. نظارت و ارزیابی فرآیند اجرایی شدن نقشه جامع علمی کشور در دانشگاه.
3. اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه امور پژوهشی و فناوری، کتابخانه‌ها و بانک‌های اطلاعاتی دانشگاه، مطابق با مصوبات، مقررات و آئین‌نامه‌های مربوطه.
4. برنامه‌ریزی و سیاست‌گذاری به‌منظور ارتقا و افزایش سطح همکاری‌های علمی و بین‌المللی.
5. اولویت‌بخشی به نوآوری در حوزه نظری و پژوهش‌های کاربردی و موردنیاز کشور.
6. توسعه، تقویت و هدایت طرح‌های پژوهشی مصوب با اولویت پژوهش‌های کاربردی هدفمند و مبتنی بر سند چشم‌انداز برنامه‌های توسعه کشور و نقشه جامع علمی کشور.
7. کنترل و نظارت بر فرآیندهای پژوهشی دانشگاه بر اساس تقویم تعیین‌شده در طرح نامه پروژه‌های مصوب پژوهشی و تحقیقاتی.
8. مطالعات لازم درزمینه ارزشیابی فعالیت‌های پژوهشی و ارزیابی عملکرد پژوهشی سالانه دانشگاه جهت ارائه به رئیس دانشگاه.
9. ایجاد ارتباط لازم با مؤسسات داخلی و خارجی به‌منظور همکاری در امور پژوهشی و مبادله خدمات علمی.
10. همکاری در ارائه خدمات علمی، فرهنگی و اجتماعی و برگزاری سمینارها و کنفرانس‌های علمی و اجرای کلیه امور قراردادهای تحقیقاتی و خدماتی بین دانشگاه و سایر مؤسسات.
11. همکاری در اجرای دوره‌های کوتاه‌مدت پژوهشی برای مؤسسات غیردانشگاهی.
12. برنامه‌ریزی جهت استفاده اعضای هیأت علمی از فرصت‌های مطالعاتی داخل و خارج از کشور (اعم از مراکز علمی پژوهشی حوزوی و دانشگاهی) برابر ضوابط مصوب.
13. تهیه برنامه پژوهشی دانشگاه و ارائه اهداف و تعیین اولویت‌های پژوهشی در قالب برنامه‌های میان‌مدت و بلندمدت و حمایت از تشکیل مراکز رشد، کارآفرینی و پارک‌های علم و فناوری، برای طرح در شورای تخصصی پژوهشی دانشگاه.
14. بررسی و ارزیابی فعالیت‌های دانشگاه در چارچوب برنامه‌های رشد و توسعه کشور بر اساس اهداف سند چشم‌انداز و برنامه‌های توسعه‌ای کشور و نقشه جامع علمی کشور در بخش آموزش عالی برای طرح در هیأت رئیسه.
15. شناسایی و تعریف موضوعات و برنامه‌های علمی پژوهشی مشترک و برنامه‌ریزی جهت تأمین امکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی پژوهشی حوزه و دانشگاه و ایجاد زمینه مناسب جهت نیل به علم دینی و علوم انسانی مناسب با حوزه تخصصی دانشگاه.